Природные полисахариды присутствуют в составе растительных и животных тканей в виде сложных систем.

Способ выделения должен быть максимально эффективным, полисахариды не должны подвергаться деструкции ни под действием химических реагентов, ни под действием ферментов. Полисахариды могут содержать группы, лабильные к кислотам, например, гликозидные связи фураноз или 3,6-ангидрогексоз, либо к щелочам, что необходимо учитывать при выделении. Экстракция является необходимой стадией процесса выделения полисахаридов, растворителем в котором в большинстве случаев является вода. Этот процесс сопровождается растворением полярных низкомолекулярных соединений: неорганических солей, сахаров, белков, нуклеиновых кислот и т. д. Поэтому дальнейшая обработка должна заключаться в удалении этих сопутствующих веществ. Для очистки экстракта от белков, минеральных солей, водорастворимых пигментов используют диализ, дробное осаждение спиртом или четвертичными аммониевыми основаниями, ультрафильтрацию, ферментолиз и т. д. Очистить полисахариды от белков можно денатурацией или избирательной сорбцией на кальция фосфате, бентоните и др. Вещества, сопровождающие клетчатку (гемицеллюлозы, лигнин), растворяют при нагревании в растворах щелочей, серной и азотной кислот. После этого остается чистая целлюлоза.

Из водных растворов полисахариды осаждаются смешивающимися с водой органическими растворителями, чаще всего этанолом, метанолом, ацетоном.

Чтобы отделить полисахариды друг от друга, проводят их фракционирование, т. е. получают серию фракций осаждаемых веществ (например, для осаждения альгиновой и пектовой кислот используют кальциевые или бариевые соли).